Για τις ανάγκες της εσωτερικής αξιολόγησης, οι ακαδημαϊκές μονάδες ορίζουν, με αποφάσεις των Γενικών Συνελεύσεών τους, Ομάδες Εσωτερικής Αξιολόγησης (ΟΜ.Ε.Α.). Κάθε ΟΜ.Ε.Α. φέρει την ευθύνη για την εφαρμογή όλων των προβλεπόμενων από το Εσωτερικό Σύστημα Διασφάλισης Ποιότητας διεργασιών και επιμέρους διαδικασιών, καθώς και για τη συγκέντρωση των απαραίτητων σχετικών στοιχείων στα οποία θα στηριχθεί το περιεχόμενο της έκθεσης εσωτερικής αξιολόγησης. Η τελευταία διαβιβάζεται στη Μονάδα Διασφάλισης της Ποιότητας του Ιδρύματος και εν συνεχεία, μέσω αυτής, στην Αρχή Διασφάλισης και Πιστοποίησης της Ποιότητας στην Ανώτατη Εκπαίδευση.