Η αξιολόγηση συνίσταται στη συστηματική, τεκμηριωμένη και λεπτομερή αποτίμηση, ανάδειξη και καταγραφή του έργου των ΑΕΙ, με τη χρήση αντικειμενικών κριτηρίων, καθώς και στην κριτική ανάλυση και διαπίστωση των υφιστάμενων αδυναμιών και αποκλίσεων σε σχέση με την ακαδημαϊκή φυσιογνωμία, τους στόχους και την αποστολή των ΑΕΙ.

Η αξιολόγηση του επιτελούμενου έργου των ΑΕΙ και των ακαδημαϊκών μονάδων τους πραγματοποιείται σε δύο στάδια:

• εσωτερική αξιολόγηση από τα ίδια τα Ιδρύματα ή τις ακαδημαϊκές μονάδες και
• εξωτερική αξιολόγηση από Επιτροπή Εξωτερικών Εμπειρογνωμόνων υπό την εποπτεία της ΑΔΙΠ.

Η εσωτερική αξιολόγηση είναι μια τακτικά επαναλαμβανόμενη διαδικασία και διενεργείται υπό την ευθύνη της ΜΟΔΙΠ. Πρόκειται ουσιαστικά για μια διαδικασία αυτοαξιολόγησης, που σηματοδοτεί την ταυτότητα του ΑΕΙ ή της κάθε ακαδημαϊκής μονάδας, καθώς αποτυπώνει και αναδεικνύει όλα τα χαρακτηριστικά της λειτουργίας τους. Ολοκληρώνεται με τη σύνταξη της Έκθεσης Εσωτερικής Αξιολόγησης, η οποία εγκρίνεται από τη διοίκηση του Ιδρύματος ή, στην περίπτωση της ακαδημαϊκής μονάδας από τη διοίκηση της τελευταίας. Στη συνέχεια αποστέλλεται στην ΑΔΙΠ, προκειμένου να ακολουθήσει η διαδικασία της εξωτερικής αξιολόγησης.

Η εξωτερική αξιολόγηση είναι η τελευταία φάση του κύκλου της διαδικασίας για τη διασφάλιση της ποιότητας των ΑΕΙ και των ακαδημαϊκών μονάδων τους. Συνίσταται στην αναλυτική-κριτική εξέταση των αποτελεσμάτων της εσωτερικής αξιολόγησης από Επιτροπή ανεξάρτητων εμπειρογνωμόνων, προερχόμενων από το Μητρώο Ανεξάρτητων Εμπειρογνωμόνων που συγκροτεί, τηρεί και ενημερώνει η ΑΔΙΠ.