Όργανα της Ένωσης είναι η Γενική Συνέλευση των μελών της (ΓΣ), το Διοικητικό Συμβούλιο (ΔΣ) και η Εξελεγκτική Επιτροπή (ΕΕ).
Το Διοικητικό Συμβούλιο της Ένωσης αποτελείται σήμερα από τους:
- Αναπληρωτή Καθηγητή Γρηγόριο Χονδροκούκη • Πρόεδρο
- Αναπληρωτή Καθηγητή Ερνέστο Τζανάτο • Αντιπρόεδρο
- Επίκουρο Καθηγητή Ιωάννη Παραβάντη • Γ. Γραμματέα
- Φωτεινή Σιβρίδου Ε.Ε.ΔΙ.Π. • Ταμία
- Αναπληρωτή Καθηγητή Αθανάσιο Κανάτα • Ειδικό Γραμματέα
- Αναπληρωτή Καθηγητή Μιχαήλ Μπούτσικα • Μέλος
- Λέκτορα Χρήστο Ξενάκη • Μέλος

Η θητεία των μελών του ΔΣ, είναι διετής.