Στο Πανεπιστήμιο λειτουργούν τα κάτωθι Π.Μ.Σ.:

1. Τμήμα Οργάνωσης και Διοίκησης Επιχειρήσεων
   α. Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών στη Διοίκηση Επιχειρήσεων (ΜΒΑ)
   β. MBA TQM - Ευρωπαϊκό Μεταπτυχιακό Πρόγραμμα στη Διοίκηση Επιχειρήσεων-Ολική Ποιότητα (ΕΜΠΣ.ΔΕ-ΔΟΠ)
   γ. MBA Tourism Management - Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών στη Διοίκηση Επιχειρήσεων - Μάνατζμεντ Τουρισμού
   δ. Executive MBA
2. Τμήμα Στατιστικής και Ασφαλιστικής Επιστήμης
   α. ΠΜΣ στην «Εφαρμοσμένη Στατιστική»
   β. ΠΜΣ στην «Αναλογιστική Επιστήμη και Διοικητική Κινδύνου»
3. Τμήμα Χρηματοοικονομικής και Τραπεζικής Διοικητικής
   α. Στη «Χρηματοοικονομική και Τραπεζική Διοικητική»
   β. Στη «Χρηματοοικονομική Ανάλυση για στελέχη Επιχειρήσεων»
   γ. Στο «Χρηματοοικονομικό και Θεσμικό Πλαίσιο των Αγορών Χρήματος και Κεφαλαίου»
4. Τμήμα Βιομηχανικής Διοίκησης και Τεχνολογίας
   Στην «Οργάνωση και Διοίκηση Βιομηχανικών Συστημάτων» και περιλαμβάνει δύο ειδικεύσεις:
   α. «Logistics» (Εφοδιασμός και Διακίνηση Προϊόντων)
   β. «Συστήματα Διαχείρισης Ενέργειας και Προστασίας Περιβάλλοντος»
5. Τμήμα Ναυτιλιακών Σπουδών
   Στη «Ναυτιλία»
6. Τμήμα Οικονομικής Επιστήμης
   α. Στην «Οικονομική και Επιχειρησιακή Στρατηγική»
   β. Στην «Διοίκηση της Υγείας»
7. Τμήμα Ψηφιακών Συστημάτων
   α. Στην «Διδακτική της Τεχνολογίας και Ψηφιακά Συστήματα»
   β.Στην «Τεχνοοικονομική Διοίκηση και Ασφάλεια Ψηφιακών Συστημάτων»
8. Τμήμα Πληροφορικής
   α. Στα «Προηγμένα Συστήματα Πληροφορικής»
   β. Στην «Πληροφορική»
9. Τμήμα Διεθνών και Ευρωπαϊκών Σπουδών
   Στις «Διεθνείς και Ευρωπαϊκές Σπουδές»