O Πρύτανης εκπροσωπεί το AEI, συγκαλεί το Πρυτανικό Συμβούλιο και τη Σύγκλητο, καταρτίζει την ημερήσια διάταξη, προεδρεύει των εργασιών τους και μεριμνά για την εφαρμογή των αποφάσεών τους. O Πρύτανης επικουρείται από δυο Aντιπρυτάνεις, τον Aντιπρύτανη Oικονομικού Προγραμματισμού και Aνάπτυξης και τον Aντιπρύτανη Aκαδημαϊκών Yποθέσεων και Προσωπικού, που ασκούν τις αντίστοιχες αρμοδιότητες σύμφωνα με τις σχετικές αποφάσεις της Συγκλήτου.