Το ΠΜΣ-ΔΕ.ΜΤ λειτουργεί με διοικητικά όργανα που προβλέπει ο Ν. 3685/08 για τις μεταπτυχιακές σπουδές στα ελληνικά ΑΕΙ. Ειδικότερα, σύμφωνα με τις διατάξεις του Ν. 3685/08 η εποπτεία και διοίκηση ενός μεταπτυχιακού προγράμματος ασκούνται από τη Σύγκλητο με Ειδική Σύνθεση και την Επιτροπή Μεταπτυχιακών Σπουδών του Πανεπιστημίου, από τη Γενική Συνέλευση με Ειδική Σύνθεση (ΓΣΕΣ) του Τμήματος που προσφέρει το μεταπτυχιακό πρόγραμμα και από τη Συντονιστική Επιτροπή του Μεταπτυχιακού Προγράμματος.

Η Συντονιστική Επιτροπή του Μεταπτυχιακού Προγράμματος αποτελείται από τον πρόεδρο και μέλη που ανήκουν στο ΔΕΠ του Τμήματος και διδάσκουν στο μεταπτυχιακό πρόγραμμα.

Για το ΠΜΣ-ΔΕ.ΜΤ η Συντονιστική Επιτροπή του Μεταπτυχιακού Προγράμματος αποτελεί το βασικό όργανο διοίκησής του.

Ο Πρόεδρος της Συντονιστικής Επιτροπής του Μεταπτυχιακού Προγράμματος είναι και ο Διευθυντής του.

Τα μέλη της Συντονιστικής Επιτροπής του Μεταπτυχιακού Προγράμματος είναι διδάσκοντες στο ΠΜΣ-ΔΕ.ΜΤ μετά από έγκριση της Γενικής Συνέλευσης Ειδικής Σύνθεσης του Τμήματος Οργάνωσης και Διοίκησης Επιχειρήσεων.