Το Τμήμα Ναυτιλιακών Σπουδών του Πανεπιστημίου Πειραιώς οργάνωσε και λειτουργεί από το Μάρτιο του 2002 Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών (Π.Μ.Σ.) στη Ναυτιλία με τις ακόλουθες ειδικότητες:

(α) Ναυτιλιακή Οικονομική & Πολιτική

(β) Διοίκηση Ναυτιλιακών Επιχειρήσεων

(γ) Διεθνείς Μεταφορές

(δ) Διοίκηση Ποιότητας στη Ναυτιλία.

Αντικείμενο του Προγράμματος Μεταπτυχιακών Σπουδών στη Ναυτιλία είναι η Ναυτιλία και οι Μεταφορές με βασικούς σκοπούς τους εξής:

• Να προάγει διεπιστημονικά τις γνώσεις των υποψηφίων στο συγκεκριμένο αντικείμενο του προγράμματος μεταπτυχιακών σπουδών στη Ναυτιλιακή Βιομηχανία (Ναυτιλιακές Επιχειρήσεις, Λιμάνια, Ναυπηγεία) και τις Μεταφορές.
• Να αναπτύξει σε βάθος τη διεπιστημονική έρευνα στον τομέα της Ναυτιλίας.
• Να προετοιμάσει ικανά στελέχη που θα μπορούν να συνεισφέρουν στην ανάπτυξη των επιχειρήσεων της Ναυτιλιακής Βιομηχανίας, όσο και των αντίστοιχων στον τομέα των μεταφορών.
• Να καλύψει τις ανάγκες σε μεταπτυχιακό επίπεδο για εκπαιδευόμενα επαγγελματικά στελέχη επιχειρήσεων στον ιδιωτικό και δημόσιο τομέα.
• Να καταρτίσει στελέχη για τη δημόσια διοίκηση και τους από το Κράτος εξαρτώμενους ναυτιλιακούς οργανισμούς και υπηρεσίες.
• Να καλλιεργήσει και να αναπτύξει το ενδιαφέρον των στελεχών των επιχειρήσεων και την κατανόηση του ολοένα πιο πολύπλοκου και δυναμικού διεθνούς ναυτιλιακού περιβάλλοντος.

Το καινοτομικό στοιχείο είναι ότι το πρόγραμμα δέχεται φοιτητές μερικής φοίτησης (part time) και έχει υιοθετήσει το σύστημα των εκπαιδευτικών συμβούλων (tutorial system). Η φιλοσοφία του προγράμματος έχει βασιστεί  στην πολυετή πείρα και εξειδίκευση των μελών ΔΕΠ του τμήματος και στις ανάγκες των βιομηχανιών που καλείται το τμήμα να στελεχώσει καθώς και στην προσπάθεια προσέλκυσης κυρίως Ελλήνων υποψηφίων από τα ανταγωνιστικά Μεταπτυχιακά Προγράμματα Σπουδών της Ευρώπης.

Η βασική επιδίωξη του ΜΠΣ - Ναυτιλίας είναι να εξασφαλίσει την προετοιμασία σε βάθος των υποψηφίων στις τρέχουσες μεταβολές στις επιστήμες που ασχολούνται με τη Ναυτιλία και τις Μεταφορές.

Στο πλαίσιο αυτό, θα χρησιμοποιηθούν διάφορες μέθοδοι, όπως μελέτες περιπτώσεων (case studies), εφαρμοσμένη έρευνα, προσομοιώσεις, επισκέψεις σε επιχειρήσεις και ναυτιλιακούς οργανισμούς ώστε να ενισχυθεί η απόκτηση γνώσης πραγματικών εμπειριών. Επομένως, η εκπαίδευση που θα παρέχεται θα είναι ένας συνδυασμός υψηλού επιπέδου θεωρίας και εμπειρικής γνώσης.